Cryptosporidium parvum är en parasit som orsakar mild till allvarlig diarré hos unga kalvar. Den sprids snabbt i en besättning och det är önskvärt att snabbt kunna identifiera patogenen för att bryta smittkedjan. I svenska mjölkbesättningar dominerar dock Cryptosporidium bovis hos unga kalvar och även kryptosporidiearterna C. ryanae och C. andersoni har återfunnits i åldersgruppen.

Parasiter ur Eimeria-släktet är vanligt förekommande hos nötkreatur världen över. Hos nötkreatur finns minst 13 arter av Eimeria, varav de flesta är apatogena men tre kan orsaka klinisk sjukdom framför allt hos unga djur. Eimeria bovis och Eimeria zuernii kan båda ge upphov till sjukdom hos uppstallade nötkreatur. Utöver det har Eimeria alabamensis visats kunna orsaka sjukdom efter betessläpp, framför allt i europeiska besättningar. Då utmärkande symtom är diarré och aptitlöshet kan sjukdomen orsaka viktminskning eller minskad tillväxttakt.

Toxoplasma gondii infekterar sina värdar i huvudsak via tre smittvägar: intag av oocystor från kattfaeces, intag av kött innehållande vävnadscystor eller transplacentalt till det ofödda fostret. Hos får har parasiten även visats kunna smitta vid sexuell kontakt, även om detta är en mycket ovanlig smittväg då baggarnas sperma är infektiös under en mycket kort tidsperiod efter infektionens inledande. Intag av vävnadscystor borde inte heller utgöra någon reell risk då får normalt inte ges kött eller köttprodukter. I stället har närvaro av katter visat sig vara den största riskfaktorn för att få in toxoplasmos i en fårbesättning. Ny forskning har även visat på höga nivåer av transplacental smitta inom besättningar, men då denna smittväg endast drabbar varje tackas egna lamm utgör den ingen stor risk vid smitta mellan besättningar.

Toxoplasma gondii är en obligat intracellulär parasit med kattdjur som huvudvärd och de flesta varmblodiga djur, inklusive människa, som mellanvärd. I mellanvärden bildas vävnadscystor, främst i nerv- och muskelceller, innehållande långsamt delande bradyzoiter. Smittan sprids framför allt via föda kontaminerad med oocystor från kattens faeces, otillräckligt upphettat kött innehållande infektiösa vävnadscystor eller via kongenital överföring. Infektionen är livslång och det har länge antagits att endast immunsupprimerade individer och gravida kvinnor uppvisar allvarliga kliniska symptom. Studier som visat beteendeförändringar hos infekterade immunkompetenta möss har dock lett till forskning gällande eventuella beteendeförändringar hos människa orsakade av T. gondii. Infektion med T.